Quand, en 1261, les Paléologues reprirent la ville, ils ne trouvèrent que des ruines. Cette nouvelle occupation de Byzance fut, non une victoire militaire, mais une faveur de la chance. Alexios Stratigopulos, commandan attaché à la suite de l’empereur résidant à İznik, organisait en Thrace un déploiement militaire de ses forces. Il avait à ses ordres huit cents byzantins, Iskits, Turcs Kumans, ses nouveaux alliés.
L’Empereur avait ordonné à son commandant de ne pas s’attaquer aux Latins. Mais ce dernier apprit que le Podestat de Venise avait engagé une avance en Mer Noire, et que la ville se trouvait dans l’impossibilité de se défendre. Ceux qui donnèrent au commandanr cette nouvelle étaient les paysans que les Latins avaient disséminés dans les environs de la ville afin qu’ils s’y livrassent à l’agriculture. Les paysans ayant indiqué aux commandants une ancienne voie d’eau, quinze soldats, à minuits s’y faufilèrent, et, après avoir tué les sentinelles latines, ouvrirent les portes par lesquelles pénétrèrent les soldats byzantins.
Michael VIII Paleologos apprit, surpris et étonné, la nouvelle à İznik où il résidait.
Afin de célébrer cette chance, survenue à un moment où il l’attendait le moins, il fit crever les yeux du Joannes IV Laskaris, son rival en trône, et vint à Istanbul, reçu en grande pompe devant la Porte Dorée de Yedikule. Ainsi commença le long règne de ses descendants, le plus long que Byzance ale connu dans son histoire. (1261-1432). Cependant, et malgré son affaiblissement, l’Occident aspirait à prendre Byzance aux Grecs. C’est en vue de cet idéal que le Pape Clément V s’allia en 1307 avec Charles d’Anjou, roi de Naples.
En 1303 Andronicos II Paléologos engage des Mercenaires Espagnois Catalans commandées par Roger de Flore, un Allemand de son vrai nom Roger Blum. Les forces réunies, atteignait 500 hommes, étaient composés en partie de fantassins et en partie d’<<Almugaveres>>. Ce nom, d’origine arabe, venait de l’appelation Al-Mugâvir. Les nouveaux contingents furent fort bien reçu à Byzance et Roger de Flore reçut le titre de Kayser. Quelques victoires furent remportées contre les Turcs d’Anatolie. Peu de temps après, les catalans eurent des démèlés avec Byzance et Roger de Flore fut tué dans le palais de Michael IX Paléologos. Les Almugaveres, se répandant en Thrace y commencèrent les pillages. Ishaq, chef des forces préposées à la garde particulière de l’empereur (turcopoli) se joignit à eux à Gallipoli avec une armée de dix mille hommes.
Les Ottomans l’ayant encerclé par la Thrace et par l’Anatolie, Byzance commençait à se désagréger.
Le vieil Andronicos II voulut faire quelques réformes, mais le patriarche l’excomunia. Quand le jeune Andronicos III, petit fils du vieil empereur, entra dans la ville, le pouvoir était aux successeur du vieil empereur étant encore en bas âge, sa mère Anne de Savoie fut promue régente. La ville était dirigée par un certain Apokaukus. Mais ce dernier fut tué par les condamnés pendant qu’il visitait une prison. Ces derniers se répendirent alors à travers la ville qu’ils se mirent à piller. Profitant des troubles, Cantacuzène, d’accord avec l’Impératrice-mère Anne de Savoie, donna sa fille à Joannes V. Les ornements en cuivre et les faux bijoux utilisés lors des couronnements de trois impératrices et de deux empereurs symbolisaient la décadence de l’Empire Byzantin.
A Galata, la ville d’en face, les Gênois continuaient à s’enrichir. Ils s’accaparaient les revenus de l’état en dédommagement des sommes que Byzance leur avait emprunté. Les revenus annuels de Byzance étaient de trente mille pièces d’or, alors que ceux des Gênois atteignaient deux cent mille. La peste, qu’apportèrent les navires venus de la Mer d’Azak acheva l’écroulement de Byzance. L’épidemie, qui s’était déclarée en 1348, dura quelques années et arrêta durant ce laps de temps les dissentions et les querelles. Mais dès que le mal s’éteignit, la lutte entre les Vénitients et les Gênois s’envenima.

En 1350, les flottes vénitienne et g^noise se rencontrèrent deavt les îles des Princes. Cantancuzène réussit à arreter les Vénitiens et les Gênois furent maitrisés un certain temps. Mais la puissqance byzantine n’avait désormais aucun effect sur les Gênois, habitant la même ville.
L’Empereur Joannes V (1341-1391) s’empara une nuit, par ruse, du povoir. Il avait réussi à armer un navire chargé de soldats et ayant l’apparence d’une embarcation de commerce. Joannes avait sondoyé les gardes du port qui lui ouvrirent la chaîne qui barrait l’entrée de la Corne d’Or. Les soldats abordèrent le rivage et Cantacuzène fut obligé de se retirer dans un monsatère (1354).
Quand les Paléologues reprirent la ville, elle n’était plus que décombres. Après le règne de Justinianus Byzance avait connu un second âge d’or s’étandant de la fin du mouvement iconoclaste (845) jusqu’à l’occupation latine. Or des richesses et des œuvres d’art qui s’étaient accumulés durant cette période, il ne restait plus que ruines. Jamias Byzance ne put se relever de cette tragédie.
Mais, alors que le XIVème siècle touchait à sa fin; un nouveau rival, inattendu celui-là, surgit devant Byzance: l’état Ottoman, puissant et en plein développement. En 1340 les forces ottomanes avaient avancé jusque devant les murailles de la ville, et, pour les refouler, l’empereur avair demandé au Bey d’Aydın l’aide de quatre mille Turkmènes.
En dehors de ces évènements particuliers le premier encerclement de la ville fut commandé par Yıldırım Bayezit. Ce monarque, qui avait gagné la bataille de Kosova, avait dirigé son attention vers Byzance, ayant désormais assuré la sécurité des Balkans.
Les dissentions intérieures du palais de Byzance n’étaient pas sans encourager cet intérêt du monarque. Joannes, fils de l’empereır Andronicos s’était réfugié au palais ottoman et incarcéré sur les ordres de Murad Ier. Encourgé par Joannes, Yıldırım Bayezit se mit en branle d’Edirne vers Byzance en 1390. quand les forces ottomanes parvinrent devant les murs de la ville, la population, attachée au jeune prince, le fit montrer sur le trône. Joannes VII était désormais l’empereur de Byzance. Refusant l’accès à la ville de l’armée ottomane, le jeune monarque accepta toutefois à verser à ceux à qui il devait ce pouvoir, des annuités sous forme d’or et d’argent.
Mais le jeune monarque ne tarda pas à payer l’irrespect qu’il avait démontré envers son protecteur le Sultan Bayezit. Car, à peine cinq mois plus tard, Joannes V, qu’il avait renversé et son fils Manuel, s’enfuirent de la prison et se réfugièrent suprés de Bayezit, qui les envoya à Istanbul à la tête de son armée. Joannes VII fut obligé de fuir mais Bayezit, toujours magnime, lui laissa Silivri, Tekirdağ et Salonique. Ainsi Byzance devenait un empire de royaumes divisé en villes et régions.
Bayezit, mettant en branle ses armées pour liquider les Beylicats d’Anatolie, emmena avec lui, comme otage, Manuel, l’ancien associé de l’empereur. Volant mettre à profit l’éloignement de Bayezit, l’empereur fit restaurer les murailles byzantines, et pour camoufler son but véritable, fit décorer les deux côtés de la Porte Dorée. Bayezit, en réponse à ces machinations, lui ayant fait savoir qu’il ferait faire crêver les yeux de Manuel, selon la <<méthode byzantine>>, l’empereur fut obligé d’ordonner la démolition des travaux réalisés sur les murailles et sur la Porte Dorée.
Sur ces entrefaites le vieux Joannes V mourut. Apprenant cette mort, Manuel, à l’insu de Bayezit, s’enfuit, vint à Byzance et monta sur le trône sous le nom de Manuel II. le Sultan ottoman fit savoir au nouvel empereur de ne pas oublier les évènements antérieurs, de se tenir bien sage, de ne pas franchir şes portes de sa ville, de construire une mosquée et de former un tribunal afin de sauvegarder les intérêts turcs à l’intérieur de la cité. Sur le refus de l’empereur, Byzance fut à nouveau encerclé.Tous les villages grecs au pourtour des murailles furent occupés. (1391). Bzyance, désormais, se trouvait prise dans la plus longue durée d’encerclement de son histoire. Cette fois, les forces qui la menacaient n’étaient plus l’une de ces tribus nomades dont elle avait l’habitude, mais bien celles d’un état puissant et organisé.